Magnús ólst upp í Arabæ hjá foreldrum sínum. Hann gekk í Latínuskólann í Rvík og lauk þaðan stúdentsprófi þaðan vorið 1898 og frá Læknaskólanum í Rvík í júní 1898. Sumarið 1897 var hann aðstoðarmaður hjá Fr. Zeuten héraðslækni á Eskifirði. Haustið 1898 var hann settur héraðslæknir í Sauðárkrókshérði til næsta vors og sat á S.króki. Árið 1899-1900 var hann skipaður héraðslæknir í Hofsóshéraði, sem þá var ný stofnað og gegndi því embætti til æviloka. Allt frá æskuárum hafði hann mikinn áhuga á leiklist, tók sjálfur þátt í leiksýningum skólapilta öll sín skólaár, og stjórnaði leiksýningum á S.króki veturinn, sem hann dvaldist þar. Lét hann sér einnig mjög annt um Lestrarfélag Hofshrepps, var í stjórn þess og annaðist bókakaup þess og bókavörslu á heimili sínu um langt árabil. Einnig annaðist hann um tíma útgáfu á handskrifuðu sveitarblaði, Höfðstrendingi, á vegum Málfundafélags staðarins og skrifaði það að miklu leyti einn. Kom hann þar á framfæri ýmsum áhugamálum sínum, sem vörðuðu hag byggðarlagsins. Árið 1916 festi hann kaup á jörðinni Hugljótsstöðum á Höfðaströnd sem hann nytjaði síðan. Magnús kvæntist Rannveigu Tómasdóttur frá Völlum í Svarfaðardal, þau eignuðust sjö börn.