Jón Jónsson var fæddur á Bessastöðum í Sæmundarhlíð í Skagafirði 9. mars 1820. Faðir: Jón Jónsson húsmaður á Bessastöðum ( ) en hann drukknaði við selaveiðar. Móðir: Guðbjörg Þorbergsdóttir (1796-1883).
Guðbjörg giftist aftur. Eiginmaður hennar var Þorleifur Bjarnason frá Hraunum í Fljótum en þau bjuggu á Bessastöðum og Vík. Jón og Guðrún systir hans ólust upp hjá móður sinni og stjúpa. Jón erfði talsvert fé eftir Jón Oddsson afa sinn sem hann nýtti til að kaupa Hól í Sæmundarhlíð. Þar var hann bóndi 1849 til 1886. Bjó svo á Bessastöðum 1886 til 1894 og frá 1896 til æviloka. Jón var talinn var einn af bestum bændum í Staðarhrepp. Hann var hreppstjóri Staðarhrepps 1859 til 1863 og hreppsnefndaroddviti sama hrepps 1874 til 1880. Jón keypti Bessastaði 1880 og flutti þangað 1886 þegar sonur hans, Sveinn, tók við búi á Hóli. Jón dó 24. nóvember 1904 á Bessastöðum.
Jón kvæntist Sigríði Magnúsdóttur árið 1849. Sigríður (1828-1912) var frá Halldórsstöðum í Laxárdal, Suður-Þingeyjarsýslu. Faðir: Magnús Ásmundsson, hreppstjóri og bóndi á Halldórsstöðum í Suður-Þingeyjarsýslu. Móðir: Sigríður Þórarinsdóttir.
Sigríður og Jón eignuðust átta börn saman en fyrir átti Sigríður eina dóttur.