Skúli fæddist að Keldunesi í Norður-Þingeyjarsýslu 12. desember árið 1711. Faðir: Magnús Einarsson prestur á Húsavík frá 1715. Móðir: Oddný Jónsdóttir. Skúli var við verslunarstörf á unglingsárum en hóf skólanám hjá Þorleifi Skaftasyni prófasti í Múla í Aðaldal haustið 1727. Magnús faðir hans drukknaði í ársbyrjun 1728, þegar hann var að sækja rekavið, en tveimur árum síðar giftist móðir Skúla séra Þorleifi, sem útskrifaði hann svo með stúdentspróf 1731. Hann stundaði svo nám við háskólann í Kaupmannahöfn 1732-34 án þess þó að ljúka prófi.
Skúli sneri aftur til Íslands árið 1734 og varð sýslumaður í Austur-Skaftafellssýslu. Það sumar vann hann sem landsskrifari fyrir Odd Magnússon. Árið eftir var hann einnig settur yfir Vestur-Skaftafellssýslu. Skúli var svo skipaður sýslumaður í Skagafjarðarsýslu 1737. Þar bjó hann fyrst í Gröf á Höfðaströnd en lengst af á Stóru-Ökrum í Blönduhlíð. Skúli hafði forsjá Hólastóls eftir að Steinn Jónsson biskup dó árið 1739 og þar til Halldór Brynjólfsson tók við embætti 1746. Skúli var skipaður landfógeti árið 1749, fyrstur Íslendinga.
Hann fluttist suður sumarið 1750 og settist fyrst að á Bessastöðum.
"Hann hóf þegar að berjast fyrir ýmsum framfaramálum og helst fyrir stofnun framfarafélags sem skyldi standa að ýmsum umbótum í landbúnaðarmálum og iðnaði. Hann vildi líka að Íslendingar eignuðust þilskip svo þeir gætu sótt á djúpmið. Félagið Innréttingarnar var stofnað af Skúla ásamt íslenskum embættismönnum á Þingvöllum 17. júlí 1751 til að vinna að viðreisn íslenskra landshaga. Innréttingunum var valinn staður í Reykjavík og meðal annars þess vegna hefur Skúli oft verið kallaður faðir Reykjavíkur. Þótt gengi Innréttinganna væri misjafnt eins og margra aðra framfaramála sem Skúli lét til sín taka var hann óþrjótandi baráttumaður fyrir framförum og var einn helsti boðberi upplýsingastefnunnar á Íslandi."
Viðeyjarstofa var reist sem embættisbústaður Skúla fógeta og hann lét seinna reisa Viðeyjarkirkju við hlið hennar. Skúli fékk Viðey til ábúðar þegar hann varð landfógeti og bjó þar síðan. Viðeyjarstofa var reist sem embættisbústaður á árunum 1753-55. Hann lét af embætti fyrir aldurs sakir árið 1793 og lést ári síðar úti í Viðey. Hann er grafinn í Viðey.
Kona Skúla var Steinunn Björnsdóttir prests í Görðum á Álftanesi. Á meðal barna þeirra voru Jón Skúlason aðstoðarlandfógeti og Rannveig, kona Bjarna Pálssonar landlæknis.