Þéttbýli myndaðist á Sauðárkróki við vestanverðan Skagafjarðarbotn á síðustu þremur áratugum 19. aldar, í vík milli þáverandi ósa Gönguskarðsár og Sauðár.
Bátaútgerð var nokkuð stunduð frá Sauðárkróki á þessum tíma þótt lendingin þar væri opin og óvarin fyrir norðlægum áttum og að þar væri raunar alger hafnleysa fyrir tíma hafnarmannvirkja.
Um 1880 voru íbúar Sauðárkróks byrjaðir að velta því fyrir sér hvað hægt væri að gera til að bæta hafnarskilyrði á staðnum. Ekki varð af neinum framkvæmdum þá, en árið 1894 var gerður grjótgarður út af Gönguskarðsáreyri í því skyni að draga úr efnisburði frá Gönguskarðsá. Þessi garður var veigalítill enda gerður með handverkfærum einum saman og kom hann fyrir lítið. Um aldamótin 1900 þótti mörgum Sauðárkróksbúum mikill bagi að hafnleysinu á staðnum var þó landbrot yst í þorpinu meira áhyggjuefni enda voru húseignir þar í hættu af þessum sökum. Árið 1903 var því gerð áætlun um varnargarð, um 150 m langan, út frá Gönguskarðsáreyri.
Allt þar til bryggjusmíði hófst notuðust Sauðkrækingar við flotbryggjur eða trébúkka eins og gert var á mörgum öðrum stöðum þar sem hafnarskilyrði voru léleg. Var þeim skotið fram þegar verið var að landa varningi úr kaupskipum með uppskipunarbátum, eða þegar fiskibátar komu að með afla, en dregnir á land þess á milli. Undirbúningur að varanlegri bryggjugerð á Sauðárkróki hófst árið 1909 þegar Thorvald Krabbe verkfræðingur gerði þar mælingar og athuganir fyrir beiðni sýslunefndar Skagfirðinga og lagði í framhaldi af þeim fram tillögu að staurabryggju.
Smíði bryggjunnar hófst í ársbyrjun 1916 og fullgerð var hún 71 m að lengd og 3,75 m að breidd. Þessi aðferð reyndist illa því í óveðri haustið 1916 urðu talsverðar skemmdir á nýju bryggjunni. Var hún endurbyggð árið eftir sem hefðbundin staurabryggja en aðeins höfð 45 m að lengd. Árið 1925 var hún bæði lengd og breikkuð og gagnaðist eftir það fyrir hin minni gufuskip sem þá voru í förum.
Árið 1928 var gerð athugun á hafnarsvæðinu á Sauðárkróki í því skyni að kanna möguleika á því að byggja þar öldubrjót og gera örugga höfn. Árið eftir lagði Vitamálaskrifstofan fram áætlun um framlengingu gamla öldubrjótsins með varnargarði úr steinsteyptum kerjum og bryggju innan á. Var þessi efnisgerð valin vegna þess hve erfitt var að nálgast nothæft grjót til hafnargerðar á Sauðárkróki.
Á þessum tíma jókst áhugi Sauðkrækinga að gerð yrði höfn á staðnum og sveitarstjórnarmenn og aðrir áhrifamenn tóku að vinna að því að sett yrðu lög um verkefnið. Gerðar voru þrjár atrennur að því að flytja frumvarp um málið á Alþingi 1929, 1930 og árið 1931 var það loks samþykkt.
Vorið 1935 var lagður vegur að fyrirhuguðu hafnarstæði og árið 1936 tókst loks að afla nægilegs fjár til þess að hægt væri að byrja á hafnargarðinum og hófst verkið snemma árs 1937. Magnús Konráðsson verkfræðingur á Vitamálaskrifstofunni sá um hönnun og hafði umsjón með framkvæmdinni fyrir hönd stofnunarinnar.
Við framkvæmdirnar var brimvarnargarðurinn sem reistur var, var einnig nýttur sem bryggja voru mannvirkin varin með steypuklossum og grjóti sem sótt var í Hegranesið, en það takmarkaði nokkuð möguleika í hafnargerð á Sauðárkróki á þessum tíma hversu erfitt var að verða sér úti um nothæft grjót nærri byggingarstaðnum. Verkinu lauk árið 1939 þrátt fyrir að vetrarveður reyndist rysjótt og ylli nokkrum töfum og skemmdum á mannvirkinu.
Ný smábátahöfn var gerð árið 1987 með því að byggð var bátakví innan Suðurgarðs. Var gerð þar kví og settar út flotbryggjur en smábátaútgerð var þá í sókn á Sauðárkróki eins og víða annars staðar á landinu. Einnig hefur öflug togaraútgerð hefur verið gerð frá Sauðárkróki um áratugaskeið sem hefur kallað á ýmsar hafnarframkvæmdir, meðal annars hefur stálþil verið rekið utan um Suðurgarð (Syðribryggju) og brimvarnargarðurinn - Norðurgarðurinn - hefur verið lengdur um 120 m. Á árunum 2008 og 2009, eftir miklar líkanarannsóknir hjá Siglingastofnun var byggður 365 metra langur sjóvarnargarður út frá landinu þar sem áður var Hafskipabryggja Sauðárkróks, og eru ytri mörk innra hafnarsvæðis. Er garður þessi nefndur Suðurgarður og hefur gjörbreytt allri aðstöðu innan hafnarinnar, en algengt var að skip slitu landfestar ef þung hafalda var inn fjörðinn en þá myndaðist frákast frá ströndinni sem lagði inn í höfnina.
Auk þess er Sauðárkrókshöfn mikilvæg flutningahöfn og hefur hafnarsvæðið verið lagað að nútíma starfsemi, m.a. með innleiðingu laga nr. 50/2004 um siglingavernd og gerð gámavalla.